Experții de la Universitatea din Nottingham au dezvoltat un nou software care combină secvențierea ADN-ului și învățarea automată pentru a-i ajuta să descopere unde și în ce măsură se transmit bacteriile rezistente la antibiotice între oameni, animale și mediu.
Mediile antropogene (spațiile create de oameni), cum ar fi zonele de creștere intensivă a animalelor, sunt considerate terenuri ideale pentru reproducerea bacteriilor rezistente la antimicrobiene și a genelor rezistente la antimicrobiene, care sunt capabile să infecteze oamenii și să transporte rezistența la medicamente. Acest lucru poate avea implicații uriașe asupra modului în care anumite boli și infecții pot fi tratate eficient.
În acest nou studiu, publicat în PLOS Computational Biology, o echipă de experți a analizat o fermă comercială de păsări de curte din China și a colectat 154 de probe de la animale, carcase, lucrători, gospodării și mediul înconjurător al acestora.
Din aceste probe, ei au izolat o bacterie specifică numită Escherichia coli (E. coli).
Aceste bacterii pot trăi destul de inofensiv în intestinul unei persoane, dar pot fi, de asemenea, patogene, iar genomul poartă gene de rezistență împotriva anumitor medicamente, ceea ce poate duce la îmbolnăviri, inclusiv crampe stomacale severe, diaree și vărsături.
Cercetătorii au folosit o abordare care integrează învățarea automată, secvențierea întregului genom, rețelele de partajare a genelor și elementele genetice mobile, pentru a caracteriza diferitele tipuri de agenți patogeni găsiți în fermă. Ei au descoperit că genele antimicrobiene (genele care conferă rezistență la antibiotice) erau prezente atât în bacteriile patogene, cât și în cele nepatogene.
Noua abordare, care utilizează învățarea automată, a permis echipei să descopere o întreagă rețea de gene asociate cu rezistența antimicrobiană, împărtășită între animale, lucrătorii din fermă și mediul înconjurător.
În mod notabil, această rețea a inclus gene cunoscute ca fiind cauza rezistenței la antibiotice, precum și gene încă necunoscute, asociate cu rezistența la antibiotice.
„Momentan nu știm exact de unde provine bacteria, putem spune doar că am găsit-o și că a fost împărtășită între animale și oameni„, a explicat Dr. Tania Dottorini, de la Școala de Medicină și Științe Veterinare a Universității, cea care a condus echipa.
„Întrucât știm deja că a existat o astfel de partajare, acest lucru este îngrijorător, deoarece oamenii pot dobândi rezistență la medicamente în două moduri diferite – prin contact direct cu un animal sau indirect, prin consumul de carne contaminată. Aceasta ar putea fi o problemă deosebită în cazul creșterii păsărilor de curte, deoarece este cea mai utilizată carne din lume”.
„Instrumentele de calcul pe care le-am dezvoltat ne vor permite să analizăm date complexe, de mari dimensiuni, provenite din diferite surse, identificând în același timp unde pot fi punctele fierbinți pentru anumite bacterii. Ele sunt rapide, precise și pot fi aplicate în medii mari – de exemplu – mai multe ferme în același timp. Există multe gene rezistente la antimicrobiene pe care le cunoaștem deja, dar încercăm să aflăm cum putem merge dincolo de acestea și să descoperim noi ținte pentru a concepe noi medicamente”, a concluzionat Dr. Tania Dottorini, potrivit Phys.org.
O specie de bacterii cu proprietăți anti-melanom, găsită în ascidiile din Oceanul Antarctic
De ce nu poate ucide focul unele bacterii și ciuperci?
Bacteriile infuzate cu argint pot produce electricitate. Ce au descoperit cercetătorii
A fost dezvoltat primul „medicament viu” care tratează bacteriile rezistente la antibiotice