Patru săptămâni mai târziu, „Mary Celeste” a fost văzută la 400 de kilometri distanţă, pe Gibraltar.
Căpitanul navei „Dei Gratia”, care a văzut-o, a fost surprins să observe felul în care îi erau aşezate velele, care nu profitau de avantajul condiţiilor oferite de vreme şi pentru că ea se clătina ca şi cum nimeni nu o direcţiona nicăieri.
El a trimis o echipă să investigheze nava. S-a observat că nu era nimeni la bord, dar mesele erau pregătite pentru prânz sau cină şi cănile de ceai erau calde, la fel ca şi o parte din mâncarea neconsumată.
Cronometrul şi o parte din documentele navei lipseau. Din jurnalul de bord lipseau ultimele 10 zile. Una dintre cele două bărci de salvare cu care era echipată lipsea, iar cârma nu a fost fixată înainte de a fi lăsată nesupravegheată.
S-au făcut anchete la acea vreme, dar şi o groază de speculaţii. O teorie susţine că piraţii au prădat nava şi au ucis echipajul, însă e ciudat că nu lipsea nimic din încărcătura sau cantitatea de bani de la bord.
S-a îmbolnăvit sau îngrijorat echipajul că încărcătura ar putea exploda? Au plecat de bunăvoie? De ce nu a supravieţuit nimeni să spună povestea sau, măcar, să lase un indiciu? Nimeni nu ştie. Şi e improbabil să descoperim vreodată ce s-a întâmplat, de fapt, cu „Mary Celeste”.