Deşi asemănători în aparenţă, crocodilii şi aligatorii se deosebesc prin unele aspecte care ţin de biologia lor, modul de viaţă şi comportamentul acestor mari reptile actuale.
Ambele tipologii de reptile fac parte din ordinul crocodilienilor, dar din familii diferite.
Din tot acest ordin de reptile cu potenţial periculos pentru oameni, aligatorii prezintă doar două specii: Aligatorul american (Alligator mississippiensis) şi Aligatorul chinezesc (Alligator sinensis), care trăiesc, aşa cum o spune şi denumirea lor, doar în partea sud-estică a Statelor Unite şi în sudul Chinei. Pe de altă parte, crocodilii au în prezent un număr de 14 specii, exceptându-i evident pe gaviali şi caimani.
La o primă comparaţie, crocodilii au un bot mai lung şi mai pronunţat triunghiular decât al aligatorilor. Cel de-al patrulea dinte al crocodililor este întotdeauna vizibil atunci când aceştia au botul închis. Majoritatea crocodililor, şi în special marele crocodil de apă sărată (Crocodylus porosus) sunt mai bine adaptaţi la apa mării decât aligatorii. Crocodilii sunt mult mai agresivi şi mai periculoşi pentru om decât aligatorii. Crocodilii sunt mult mai mari şi mai masivi decât aligatorii, iar crocodilii de Nil Crocodylus niloticus) şi cei de apă sărată (Crocodylus porosus) sunt cele mai mari reptile actuale, cu ambele specii având exemplare care depăşesc uneori lungimea de 6 metri şi greutatea de o tonă!
Speciile de crocodili trăiesc în America de Nord, Centrală şi de Sud, Africa, Asia şi Australia. Crocodilii au o forţă mai mare a muşcăturii decât aligatorii, fiind de fapt animalele cu cea mai puternică muşcătură din prezent. Evident, este vorba de exemplarele mari de crocodili de Nil şi de apă sărată.
Pe de altă parte, aligatorii au boturile proporţional mai scurte, mai late şi mai rotunjite în formă de „U” decât crocodilii. General vorbind, aligatorii au un colorit în nuanţe mai închise decât al tuturor speciilor de crocodili şi sunt mai blânzi decât rudele lor mai mari.