După ce în iunie 1940 România, în urma ultimatumurilor sovietice, a fost forțată să se retragă militar și administrativ din Basarabia, Bucovina de Nord și ținutul Herța, istoricul liberal Gheorghe I. Brătianu a fost înregimentat în cadrul armatei.
A fost concentrat încă de la data de 1 noiembrie 1939 cu gradul de căpitan în rezervă la Comandamentul Teritorial Iași, iar în cursul anului următor a mai fost concentrat de încă două ori: la 25 mai și la 29 august. La 22 iunie 1941, Gheorghe I. Brătianu, cu gradul de căpitan de artilerie în rezervă, a răspuns ordinului de mobilizare și a intrat în războiul în care România, alături de Germania, s-a angajat la eliberarea teritoriilor românești răpite de URSS.
Istoricul a participat la campania din Basarabia (22 iunie-20 octombrie 1941) și a primit înalte ordine și decorații: „Crucea Comemorativă”, „Ordinul Sf. Stansilav cu Spade”, „Coroana României cu Spade”, în grad de ofițer și cu panglica de „Virtute militară”. La data de 8 mai 1942 a fost avansat la gradul de maior în rezervă.
Rupturile teritoriale din vara anului 1940 și dezmembrarea României Întregite (pentru realizarea căreia a și luptat cu arma în mână, între 1916-1918, ca tânăr sublocotenent, fiind și rănit la Cireșoaia, în 1917), uciderea nedreaptă și săvârșită cu cruzime a savantului Nicolae Iorga l-au marcat profund pe Gheorghe I. Brătianu.
Sentimentele și trăirile sale au dus la apariția volumului „Cuvinte către români”, dar și la o serie de conferințe care au avut ca principală temă ideea națională, serie susținută în toate marile orașe ale României.
Publicistica și activitatea științifică a istoricului în anii războiului a fost variată și ancorată în realitățile dure ale acelor ani. În prelegerea inaugurală a cursului pe care l-a susținut la Școala Superioară de Război, Brătianu a spus, printre altele:
De aceea, mai mult decât oricine, el (istoricul-n.n.) nu poate rămâne indiferent nici față de adversari nici față de prieteni. De la el se așteaptă și el trebuie să dea replica și reacțiunea (riposta-n.n.) necesară în interesul însuși al sincerității”.
Ceea ce istoricul Gheorghe Brătianu a și făcut: în perioada cuprinsă între 1937-1947 istoria românească a reprezentat centrul interesului și preocupărilor sale.
Gheorghe I. Brătianu a fost implicat și în evenimentele petrecute la 23 august 1944. A fost trimis de către Constantin (Dinu) I. C. Brătianu la Snagov pentru a trata cu Ion Antonescu și a-l convinge pe acesta să decidă încheierea unui armistițiu cu Uniunea Sovietică și, implicit, cu Națiunile Unite. Acordul scris al șefului PNL cu acțiunea de întoarcere a armelor împotriva Germaniei nu a mai ajuns însă la Antonescu.
După lovitura de stat de la 23 august 1944 și mai ales după 6 martie 1945, atunci când în România s-a instalat regimul comunist legitimat de guvernul Petru Groza, Gheorghe I. Brătianu a cunoscut, la fel precum mulți alți intelectuali români, toate vicisitudinile perioadei care a urmat.
După înlăturarea de la catedră și de la conducerea Institutului de Istorie, începând cu luna august a anului 1947, i s-a impus domiciliu forțat. Liviu Țăranu menționează că în casa lui Brătianu a fost instalat un post de observare-urmărire, iar agentul poliției însărcinat cu supravegherea nota activitățile zilnice ale istoricului. Nu îi permitea să iasă din curtea propriei case decât doar pentru anumite urgențe medicale.
În „Scânteia” comuniștilor a fost atacat și denigrat: „Jos masca, domnule Hitlerist Gheorghe Brătianu! și trage consecințele!”
Atunci când prieteni de-ai săi l-au îndemnat să părăsească țara, sau cel puțin să încerce, istoricul a răspuns cu aceste cuvinte: „Brătienii nu dezertează din România”.
După aproape trei ani de domiciliu obligatoriu, în noaptea de 5 spre 6 mai a anului 1950, cunoscută în istoriografia românească și ca „noaptea demnitarilor”, a fost arestat, împreună cu alți foști demnitari care au făcut parte din guvernele României interbelice, și a fost întemnițat în cumplita închisoare de la Sighet. Nici măcar nu a fost adus în fața justiției.
Deși nu există dovezi, unii istorici afirmă că a fost ucis în bătaie de unul dintre gardieni, în aprilie 1953, în celula 73. Încă nu se știe cu certitudine dacă Gheorghe Brătianu a fost ucis la 23-24 aprilie sau la 27 aprilie și a fost îngropat, inițial, în cimitirul săracilor, de lângă Sighetul Marmației.
Abia în toamna anului 1971 urmași ai familiei au primit, din partea autorităților comuniste, permisiunea ca osemintele istoricului precum și cele ale unchiului său (Constantin Dinu I. C. Brătianu, mort și el tot la Sighet) să fie mutate în Biserica-mausoleu a Brătienilor, de la Florica. Rămășițele odihnesc străjuite de aceste cuvinte:
Au murit la Sighet, neclintiți în credința lor…”.
După decenii întregi, ceea ce a spus Gheorghe I. Brătianu la 6 decembrie 1944, în deschiderea anului academic, s-a dovedit a fi o asigurare pentru eternitate și cea mai importantă lecție: „Adevărul rămâne, oricare ar fi soarta slujitorilor săi”.
Gheorghe I. Brătianu, istoricul care a creat și a acționat
Carol I și Ion C. Brătianu, în vremea alegerilor dificile
Independența României, Ion C. Brătianu și Rusia
Cum a rămas Ion C. Brătianu fără miros pentru toată viața
Ion C. Brătianu, premierul liberal care a scăpat de patru ori de la moarte. Două au fost atentate
Cine a decis intervenția Armatei Române în războiul ruso-turc din 1877
24 mai 1875 – înființarea Partidului Național Liberal
Sabina Cantacuzino, sfătuitoarea fraților Brătianu
Ionel Brătianu, Austro-Ungaria și Rusia
Alexandru G. Golescu, fondatorul Monetăriei Statului
Cum au vrut liberalii să reformeze România înainte de Primul Război Mondial
Cum s-au organizat liberalii imediat după ce s-a încheiat Primul Război Mondial
Liberalii și interzicerea comuniștilor
Liberalii și problemele industrializării României după Primul Război Mondial
Liberalii și criza dinastică generată de principele moștenitor Carol
Influența lui Ionel Brătianu asupra Regelui Ferdinand a adus România în tabăra câștigătorilor
Liberalii și prima amenințare majoră a bolșevicilor asupra României
Cum a ajuns Ionel Brătianu președintele PNL și prim-ministru al României
Ionel Brătianu, Banatul și Take Ionescu
Politica externă a României în primul deceniu al secolului al XX-lea
Liberalii și dezvoltarea industriei românești de la sfârșitul secolului al XIX-lea
Primul guvern liberal din istoria României
Distanțarea României de Tripla Alianță și susținerea Transilvaniei
Aderarea României la Tripla Alianță, mijloc de asigurare a securității după obținerea independenței
Proclamarea Regatului României
Cum a pregătit diplomatic guvernul lui Ion C. Brătianu obținerea independenței României
Reorganizarea PNL după Primul Război Mondial
Ionel Brătianu, omul în fața căruia Antanta a șovăit, iar Puterile Centrale s-au amăgit
Nicolae Gane, primarul scriitor care a adus tramvaiul și apa la Iași
Cum au gândit liberalii viitorul politic al României Mari
Petre Sebeșanu Aurelian, primul economist și agronom din Academia Română
Ion Ghica, boierul liberal care susținea apariția unei industrii naționale
Vila Florica, locul de suflet al Brătienilor unde s-au luat mari decizii pentru soarta României
Vasile Lascăr, omul care a pus bazele poliției române moderne
Cum i-a impresionat liberalul Ionel Brătianu pe liderii Antantei
Ion Gheorghe Duca: „Am fost primul ministru care după Unire a mers în Transilvania”
I. G. Duca, marele om de stat care a sfârșit tragic
Vintilă Brătianu și politica liberală „prin noi înșine”
Constituția liberală din 1923 și „spiritul unei democrații desăvârșite”
Ion Nistor, artizanul unirii Bucovinei cu România, închis forțat la Sighet pentru că a fost ministru
Ion C. Brătianu și cea mai lungă guvernare din istoria democratică a României
Un moment cheie în istoria României: Ionel Brătianu la Conferința de Pace de la Paris