Originea hipopotamilor a dat multă vreme bătaie de cap biologilor, deoarece lacune mari ale datelor fosile nu au permis confirmarea unor ipoteze. Dar, recent, noi cercetări au demonstrat ceea ce unii specialişti bănuiau de mult: hipopotamii descind dintr-un strămoş comun cu cel al balenelor, acestea fiind, astfel, „verii” lor cei mai apropiaţi.