Contraceptivele hormonale pot cauza în situaţii rare efecte adverse serioase precum cheagurile de sânge, atacurile de cord sau atacurile cardiovasculare, acestea fiind nerecomandate persoanelor care suferă de boli cardiace. Există numeroase metode contraceptive, altele în afară de pastile, iar cele hormonale nu conţin tocmai hormoni ”reali”, ci chimicale care imită hormonii progesteron şi estrogen. Aceşti aşa numiţi hormoni vin la pachet cu similarităţi ale hormonilor reali, dar pot avea efecte diferite. Dar înlocuirea hormonilor esenţiali cu o versiune sintetică poate afecta modul în care funcţionează creierul.
Pentru început, estrogenul este implicat în menţinerea ritmului circadian. Cercetătorii arată că atunci când acesta suferă modificări, pot fi afectate somnul, eliminarea hormonilor, obiceiurile alimentare, digestia şi temperatura corpului, riscând să ne expunem la afecţiuni precum depresie şi anxietate. Mai mult, prezenţa pilulelor contraceptive în corp pot schimba numărul bacteriilor din stomac, iar acestea la rândul lor afectează creierul. Cu toate acestea, nu se ştie încă dacă schimbările sunt pozitive sau negative, pentru că nu se cunoaşte câte dintre persoanele care administrează contraceptive orale se confruntă cu depresie şi/sau anxietate, dar ştim că peste 9% dintre femeile care folosesc pilule hormonale au suferit schimbări de dispoziţie.