În 2003, când au fost descoperite rămăşiţele acestor fiinţe, oamenii de ştiinţă i-au botezat „hobbiţi”. Din momentul descoperiri lor şi până acum, oamenii de ştiinţă au dezbătut îndelung identitatea fosilelor.
Unul dintre antropologii specializaţi în biologie care au studiat problema a fost Karen Baab. Ea a comparat un model al LB1, singurul craniu recuperat de la situl arheologic, cu alte cranii ale oamenilor moderni şi ale unor hominizi pentru a obţine o imagine mai clară a identităţii lui Homo floresiensis.
Iniţial, oamenii de ştiinţă se întrebau dacă au de-a face cu un Homo sapiens modern (ca noi )care suferise modificări patologice sau dacă este vorba de o specie distinctă. Dacă fosilele din Flores aparţineau unei specii distincte, atunci se punea problema dacă această specie a descins din Homo erectus, o specie despre cara se crede că ar fi strămoaşa noastră.
În urma cercetării coordonate de Karen Baab, de la Universitatea Stony Brook, s-a observat că rămăşiţele „hobbitului” sunt „clar distincte” de craniile oamenilor moderni, demonstrând astfel că nu poate fi vorba de Homo sapiens cu modificări patologice.
Totodată, craniul lui H. floresiensis semănă mai mul cu cele ale altor fosile de hominizi, decât cu cel al omului modern fie el chiar şi modificări patologice. Dr. Baab a declarat că echipa ei de cercetători „a încercat să testeze aproape toate ipotezele” asigurând „ un o imagine mult mai completă ” a craniului de hobbit, comparativ cu celelalte studii.
Pentru analiză, oamenii de ştiinţă au utilizat un computer tomograf pentru a crea un mulaj al interiorului cutiei craniene, arătând astfel forma creierului. Pe baza cercetărilor, eu au concluzionat că hobbitul a fost o specie distinctă înrudită îndeaproape de H. erectus şi că nu era un om care suferea de microcefalie, aşa cum se specula.